Non mancano credenze stravaganti e leggende legate alle proprietà del pomodoro. Nel '500 e nel '600 venivano attribuiti al pomodoro poteri afrodisiaci ed eccitanti, per questo veniva utilizzato in pozioni e filtri magici dagli alchimisti dell'epoca. Questo spiega il motivo dei tanti nomi attribuiti in passato a questa pianta nelle varie lingue: in Inglese “love apple”, in Francese “pomme d'amour”, in Tedesco “Libesapfel”, in Italiano “pomo d'oro”, tutte definizioni che ricordano l'amore. Ad eccezione dell'Italiano, le vecchie espressioni sono state sostituite dalla derivazione Azteca “tomatl”. Tuttavia l'origine del nome risale ad un errore, ovvero ad un malinteso, infatti la pianta importata dagli Spagnoli in Europa veniva chiamata dagli Aztechi “xitomatl”, il cui significato è “grande tomatl”. Il tomatl era in realtà un'altra pianta, simile al pomodoro ma più piccola e con i frutti di colore giallo verde. Questa pianta, oggi conosciuta come tomatillo, viene ancora impiegata nella cucina tradizionale dell'America Centrale. Gli Spagnoli chiamavano entrambe tomate e questo diede origine all'errore.
L'origine della pianta del pomodoro sembra essere l'America del Sud, in particolare Cile ed Ecuador. Da qui in seguito si diffuse anche in America Centrale e a farla conoscere in Europa furono gli Spagnoli nel XVI secolo. La coltivazione della pianta del pomodoro era già diffusa in età precolombiana e venivano utilizzate solo come piante ornamentali. Come noi oggi usiamo i fiori, quelle piante che oggi troviamo negli orti una volta si trovavano nei giardini. La scelta non fu condizionata dalla sua particolare bellezza: il pomodoro veniva considerato una pianta velenosa a causa del suo alto contenuto di solanina, sostanza considerata a quell'epoca dannosa per l'uomo, pertanto inutilizzata in cucina. Già nel 1544 l'erborista Italiano Pietro Mattioli classificò la pianta del pomodoro fra le specie velenose.
Non è chiaro in quale luogo ed in quale periodo il pomodoro da pianta ornamentale e velenosa, circondata da leggende popolari, improvvisamente sia diventata per gli Europei pianta commestibile. Da notare che nemmeno gli abitanti dell'America del Sud mangiavano i frutti della pianta. Anche gli Europei l'hanno conosciuta come pianta ornamentale e così l'hanno utilizzata nei primi anni. In Francia era consuetudine, da parte degli uomini, di fare omaggio di una piantina di pomodoro alle dame, come gesto d'amore. Dall'Europa, o forse più precisamente dalla Spagna, la pianta del pomodoro approdò in Marocco, trovando un clima ideale, e da li si diffuse in tutto il bacino del Mediterraneo.