Il peperoncino viene utilizzato in cucina in vari modi; il più semplice e comune è l'utilizzo del frutto fresco, tagliato in rondelle, da aggiungere ai piatti. Il principio attivo che causa la piccantezza del peperoncino è un alcaloide, chiamato capsacina, presente in quantità differenti nei diversi peperoncini; in dosi minime attiva la circolazione sanguigna, in dosi massicce può provocare ustioni, è quindi bene utilizzare il peperoncino con qualche cautela: pochi frutti non danno alcun problema, ma la preparazione di grandi quantità di peperoncini va effettuata con guanti o altre barriere, per evitare di venire in contatto con dosi eccessive di capsacina.
Il peperoncino viene quindi utilizzato fresco, ma molto spesso viene anche conservato tramite essiccazione, quindi viene utilizzato spezzettato o polverizzato; ha anche effetti antibatterici sui cibi.
La parte più piccante del peperoncino è la parte superiore del frutto e la placenta interna, che vanno quindi asportate se si intende diminuirne l'effetto piccante.
Ai nostri giorni sono conosciute circa 26 specie di peperoncino ma le uniche ad essere coltivate per uso alimentare o industriale sono 5: Capsicum Annuum(es. Jalapeno, Caienna), Capsicum Frutescens (es. Tabasco), Capsicum Chinensis (es. Habanero), Capsicum Baccatum (es. Cappello del Vescovo o Bishop Crown) e Capsicum Pubescens (es. Rocoto).